LES PRELEVEMENTS MICROBIOLOGIQUES

RECOMMANDATIONS GENERALES

Le préleveur :

Il doit être habilité, clairement identifié et doit respecter les précautions « standard », en particulier les règles de soins et d’hygiène. Il doit informer le biologiste des incidents éventuels survenus lors du prélèvement.

Le prélèvement :

Les échantillons sont recueillis dans des récipients stériles à usage unique et étanches.

Chaque récipient est identifié par une étiquette comportant au minimum le nom (nom de jeune fille le cas échéant), le prénom du patient, sa date de naissance, ainsi que la date, l’heure, la nature et le site de prélèvement.

Prélever avant le début de l’antibiothérapie si possible, sinon renseigner dans la case prévue à cet effet sur le bon de demande de l’antibiothérapie en cours et quel antibiotique est utilisé.

Fournir les renseignements cliniques.

Préciser au mieux la demande d’examen: demande explicite pour la recherche d’agents infectieux particuliers, nature et localisation précise de l’échantillon.Si plusieurs échantillons, effectuer un prélèvement par demande d’analyse et par bon de demande. Identifier précisément les échantillons (sur flacon / écouvillon et sur le bon de demande).

1 prélèvement = 1 bon de demande = 1 sachet de transport

Réalisation du prélèvement:

• Se laver les mains. Réaliser un geste d’hygiène des mains (SHA)
• Mettre des gants à usage unique (non stériles ou stérile en fonction du prélèvement).
• Porter un masque à usage unique si risque d’inhalation d’agents pathogènes.Les modalités de prélèvement sont différentes selon qu’il s’agit de prélèvements à visée diagnostique ou à visée épidémiologique ou de prévention des infections liées aux soins.

Prélèvement à visée diagnostique :

Il doit être effectué au début du processus infectieux, avant l’administration d’agents antimicrobiens, sauf exception (infections invasives à méningocoques, voire suspicion de méningo-encéphalite herpétique, par exemple)

Prélèvement de dépistage :

Les prélèvements destinés à prévenir la survenue d’infections nosocomiales ou connaitre la flore résidente. Ils sont prélevés sur écouvillon.

1.   URINES

 ECBU

Le tableau ci-dessous reprend les indications de l’ECBU selon le contexte clique (réf Rémic 5ème édition 2015)

	Examen de diagnostic	Examen de dépistage
	Cystite aigüe à risque de complication. En présence d’une pathologie organique ou fonctionnelle de l’arbre urinaire ou dans un contexte pathologique particulier, chez les hommes, les enfants, les femmes de plus de 65 ans avec co-morbidité ou en présence d’un terrain physiologique particulier (grossesse, cystite récidivante)	Grossesse En cas d’éventuelle colonisation en début de grossesse, ou une infection chez les femmes à haut risque d’infection urinaire gravidique et dépistage mensuel préconisé
Contexte clinique	Douleurs lombaires et fièvreEvoquant une pyélonéphrite aigüe	Chirurgie – biopsie prostatique
	Douleurs pelviennes. Signes généraux Chez l’homme évoquant une prostatite	Chirurgie urologique ou bilan urodynamique
	Hyperthermie isolée – troubles digestifs Chez le nourrisson et jeune enfant	Mise en place d’une prothèse ostéo-articulaire, endovasculaire ou valvulaire cardiaque
	Tableaux cliniques sans symptomatologie urinaire au premier plan Chez le nourrisson et jeune enfant

Les principaux renseignements que le biologiste doit recueillir sont les suivants :

• Age, sexe, état physiologique particulier comme une grossesse en cours
• Signes cliniques associés aux signes urinaires : fièvre, frissons, douleurs des fosses lombaires
• Même s’il est fortement recommandé de pratiquer un ECBU avant toute thérapeutique anti-infectieuse, l’existence d’un éventuel traitement antibiotique ou antifongique récent ou en cours, la nature du ou des anti-infectieux utilisés, doivent être précisés
• Renseignements anamnestiques pertinents comme une notion d’hospitalisation récente ou de vie en institution, la présence d’anomalies fonctionnelles ou anatomiques, une intervention chirurgicale ou manœuvre dans la sphère uro-génitale etc…
• Mode de recueil de l’échantillon d’urines : miction, sondage.

Les urines recueillies dans un récipient stérile doivent être acheminées rapidement au laboratoire. Elles ne doivent jamais être conservées plus de 2 heures à température ambiante avant la mise en culture afin d’éviter la pullulation microbienne qui va gêner l’interprétation.

L’utilisation de milieu de conservation (acide borique, tube kaki) bloquant la multiplication bactérienne et réduisant la cytolyse permet la conservation des urines 8 h à température ambiante pour les cellules et 48h les bactéries.

Le tube kaki doit être correctement rempli : ligne indicateur de remplissage

​​ECBU par miction (voir paragraphe ci-dessous)	​Tube à urine avec additif(bouchon  kaki)	Points importants:  – Conditions d’asepsie rigoureuse – De préférence, recueillir les premières urines du matin (ou s’abstenir d’uriner 2-3 heures avant le prélèvement). – Recueil du milieu de jet – Transférer immédiatement en percutant le tube à bouchon kaki sur le pot de recueil. – Compléter le bon de demande de microbiologie et renseigner le type de recueil : miction
​ECBU par sondage évacuateur chez le patient dépendant	Tube à urine avec additif (bouchon  kaki)	Points importants: -Conditions d’asepsie rigoureuse – Signaler sur le bon de demande que le prélèvement est réalisé par sondage évacuateur – Urine recueillie dans le pot bleu puis à traiter comme pour une miction – Compléter le bon de demande de microbiologie et renseigner le type de recueil
​ECBU chez le nouveau né et petit enfant (à partir d’une poche auto-collante)	​Tube à urine avec additif (bouchon  kaki)	Mise en place de la poche auto-collante: – cf procédure qualité FI-EOH-026 – Conditions d’asepsie rigoureuse – Urine recueillie dans le pot bleu (ou utilisation d’un corps de pompe) puis à traiter comme pour une miction – Compléter le bon de demande de microbiologie et renseigner le type de recueil.
​ECBU pour patient sondé à demeure ou ayant un cathéter sus pubien (voir paragraphe ci-dessous)	Tube à urine avec additif (bouchon  kaki)	​Points importants: -cf procédure qualité FI-EOH-026. – Insérer le tube dans le corps de pompe – Compléter le bon de demande de microbiologie et renseigner le type de recueil : sondage à demeure
​ECBU en absence de vessie	​Tube à urine avec additif (bouchon  kaki)	– Se référer au protocole du service d’urologie. – Compléter le bon de demande de microbiologie et renseigner le type de recueil.

LES RECUEILS D’URINES pour ECBU par miction

RECUEIL D’URINES PAR LE PATIENT

Information du patient

Si possible au moins 4h après la miction précédente

MICTION

1. Se laver les mains au savon.
2. Faire une toilette intime minutieuse (méat urinaire) avec une solution lavante et/ou antiseptique
   • Pot à couvercle bleu avec adaptateur pour tubes vacutainers
     • ne pas soulever l’étiquette
     • ne pas toucher la canule intégrée
     • ne pas toucher l’intérieur du couvercle
3. Uriner le premier jet dans les toilettes (20ml).
4. Recueillir le 2ème jet d’urine dans le flacon stérile, le refermer immédiatement (volume minimum 10 ml).
5. Si apport du tube boraté (kaki) au laboratoire Homogénéiser les urines, retirer l’étiquette de protection (ne pas la jeter), insérer le tube adéquat en fonction de l’examen demandé (sans additif puis avec additif) dans l’orifice et le percuter Le maintenir en position jusqu’à ce que le remplissage s’arrête, homogénéiser par 8 à 10 retournements.Délai d’acheminement:Tube kaki: < à 8h à température ambiante Tube beige: < à 2h à température ambiante
   • 5b Si apport du pot bleu au laboratoire, l’effectuer le plus rapidement possibleDélai d’acheminement : < à 2h à T° ambiante
6.  Identifier le récipient à l’aide de l’étiquette fournie par l’hôpital

RECUEIL D’URINES PAR LE PERSONNEL SOIGNANT

A PARTIR DU POT DE RECUEIL (Couvercle bleu)

1. Homogénéiser les urines
2. Retirer l’étiquette de protection (ne pas la jeter).
3. Insérer le tube (sans additif puis avec additif) dans l’orifice et le percuter.
4. Le maintenir en position jusqu’à ce que le remplissage s’arrête.
5. Homogénéiser par 8 à 10 retournements.
6. Délai d’acheminement : Tube kaki : < à 8 heures à T° ambiante / Tube beige : < à 2 heures à T° ambiante

A PARTIR D’UNE POCHE AUTO-COLLANTE

1. Maintenir la poche contenant les urines verticalement et y plonger la canule de transfert.
2. Avec une main, maintenir la canule en place.
3. De l’autre main, introduire à fond le tube dans le corps de la canule.
4. Attendre le remplissage complet du tube.
5. Homogénéiser l’échantillon par 8 à 10 retournements du tube
6. Identifier le tube et le transmettre au laboratoire dans les meilleurs délais

PRELEVEMENT D’URINES SONDAGE à DEMEURE

1. Clamper la tubulure (A)
2. Vérifier la quantité d’urine présente dans la tubulure.
3. Désinfecter le site de prélèvement de la sonde (B) avec une compresse stérile imbibée d’antiseptique alcoolique selon le protocole recommandé.
4. Percuter le site avec l’aiguille ou avec l’adaptateur (selon la nature du site).
5. Insérer les tubes et les percuter selon l’ordre recommandé
6.  Maintenir le tube en position jusqu’à ce que le remplissage soit complet, veiller à remplir le tube jusqu’au repère de remplissage minimum indiqué sur l’étiquette.
7. Homogénéiser les tubes par 8 à 10 retournements.
8. Identifier les échantillons et les transmettre au laboratoire, à température ambiante, dans les meilleurs délais

RECHERCHE D’ANTIGENES URINAIRES

Le recueil des urines permet la détection rapide du polysaccharide C et S de Streptococcus pneumoniae. L’excrétion de cet antigène n’est pas modifiée par une antibiothérapie et se prolonge entre 6 semaines et 3 mois.sa sensibilité est médiocre, autour de 60%, meilleure dans les pneumonies sévères ou bactériémiques. Elle est améliorée par la concentration des urines. Sa spécificité est supérieure à 80% chez l’adulte.

Les urines sont recueillies dans un tube avec ou sans additif ou dans un flacon rouge stérile.

ou

ou

Le délai d’acheminement est doit être < à 24 heures à température ambiante.

2.   PRELEVEMENTS SUR ECOUVILLON

PRINCIPES DE PRELEVEMENT SUR  ECOUVILLON

• Se laver les mains.
• Mettre des gants (non stériles, à usage unique).
• Sortir l’écouvillon stérile de son emballage en le saisissant par le bouchon à l’extrémité de la tige sans la toucher.
• En cas de lésion sèche, humecter l’écouvillon d’un peu de sérum physiologique stérile en dosette unitaire (1 à 2 gouttes).
• Prélever d’une main « ferme » en faisant tourner l’écouvillon pour charger toute la surface.
• Utilisation d’un écouvillon avec milieu de transport liquide : casser l’extrémité de l’écouvillon dans le tube contenant le milieu liquide (cf schéma ci-dessous) et étiqueter soigneusement.
• Réaliser un geste d’hygiène des mains (SHA)

LES DIFFERENTS TYPES D’ECOUVILLON

Embout standard
Embout étroit
Embout très étroit

LES DIFFERENTS TYPES DE MILEU

Milieu eSwab bouchon rose		Milieu eSwab bouchon bleu
Milieu eSwab bouchon orange		Milieu UTM bouchon rougeUTM1 = 1mlUTM3 = 3ml

LES RECUEILS SUR ECOUVILLON

Prélèvement	Ecouvillon à utiliser	Milieu à utiliser
​Nez (sauf VRS, Grippe) – Gorge – Vagin (sauf mycoplasme) – Cervical – Rectum – Plaie		Milieu eSwab rose
Œil – Oreille – Uro-génital		Milieu eSwab orange
​Pédiatrie (Bactério)		Milieu eSwab bleu
​Nasopharynx pour Virus GrippeNasopharynx pour VRSEchantillon pour Biologie moléculaire par PCR		Milieu UTM1
​Echantillon pour Biologie moléculaire par PCR : Herpès, gonocoque, Chlamydia trachomatis, Mycoplasme genitallium		Milieu UTM3

3.   PRELEVEMENTS GENITAUX

Ces prélèvements sont effectués avec des écouvillons. La nature de l’écouvillon conditionne la récupération des microorganismes. Les écouvillons en nylon floqué avec milieu de transport liquide permettent des analyses multiples

PRELEVEMENT GENITAL EXTERNE

Nature du prélèvement et/ou de la demande	Matériel	Mode de prélèvement
​Prélèvement génital externe (vulve, grandes lèvres, petites lèvres chez la femme; gland,sillon balano-préputial chez l’homme) pour examen mycologique +/- bactériologique (Staphylococcus aureus,Streptococcus pyogenes) (hors chancre)	Milieu eSwab rose	– ​Lésion érosive : Prélever avec un écouvillon (+/- imbibé avec une goutte de sérum physiologique stérile si la lésion est sèche) en frottant au niveau de la lésion. Utiliser un écouvillon avec milieu de transport. – Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription

PRELEVEMENT VAGINAL

Après pose du spéculum, le prélèvement vaginal est réalisé sur les lésions (s’il y en a)  ou au niveau des leucorrhées anormales. L’absence de lésion, il faut recueillir les sécrétions sur l’écouvillon en balayant l’ensemble de la cavité vaginale.

L’écouvillonnage du cul de sac vaginal postérieur permet de rechercher un déséquilibre du microbiote vaginal, une vaginite, ou une mycose.

Nature du prélèvement et/ou de la demande	Matériel	Mode de prélèvement
Prélèvement vaginal	Milieu eSwab rose	– ​Prélèvement réalisé par médecin ou sage-femme habilités. Recommandations pour la patiente:S’abstenir de toilette ou de rapport sexuel dans les 24h précédentes. Eviter la période des règles.Prélever sous spéculum, sans lubrifiant.Noter l’aspect des leucorrhées. – Mise en place du spéculum:Choisir la taille du spéculum en fonction de l’âge, de la parité de la patiente (ex: 25×90 chez la femme nullipare ou femme âgée, 35×90 chez la multipare). Maintenir les petites lèvres écartées avec deux doigts de la main gauche. Introduire le spéculum en appuyant sur la fourchette, pour éviter la zone sous-urétrale sensible et le clitoris, parallèlement à l’axe de la vulve en tournant de 90° tout en l’enfonçant pour le ramener dans le plan de la cavité vaginale. Après introduction sur 5-6cm, l’ouverture légère du spéculum permet le contrôle visuel de sa progression vers le sacrum selon un axe de 45° par rapport au plan de la table d’examen.Dès visualisation du col, écarter avec la vis les deux valves qui se placent l’une dans le cul-de-sac ant, l’autre dans le cul-de-sac post. Lorsque le spéculum est bien en place, le col correctement exposé, bien éclairer pour réaliser le(s) prélèvement(s).Prélever avec écouvillon au niveau de lésions visibles ou recueillir les sécrétions anormales en chargeant bien l’écouvillon. – Prélèvement sans spéculum :introduire l’écouvillon dans la première partie du vagin et faire tourner l’écouvillon sur lui-même pour recueillir un maximum de sécrétions. Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription

DEPISTAGE PERINATAL DU STREPTOCOQUE B

Voir paragraphe « DEPISTAGE OU RECHERCHE DE PORTAGE »

PRELEVEMENT D’ENDOCOL

Le prélèvement d’endocol se fait obligatoirement après pose du spéculum.

Nature du prélèvement et/ou de la demande	​​​Matériel	Mode de prélèvement
​Prélèvement endocervical pour examen bactériologique	Milieu eSwab rose	​- Prélèvement réalisé par médecin ou sage-femme habilités. – Préciser le site de prélèvement (endocol) sur le bon de demande.Mettre en place le spéculum.Nettoyage soigneux de l’exocol avec pince longue et compresse imbibée d’antiseptique.Laisser agir 1 minute, puis recommencer l’opération une 2ème fois.Rincer avec une compresse imbibée de sérum physiologique.Introduire l’écouvillon jusque dans la cavité fusiforme de l’endocol et, par un frottement léger, ramener de la glaire cervicale et des cellules endocervicales.Prévoir un écouvillon (+ milieu de transport) pour la recherche des bactéries. – Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription
Recherche de Chlamydia trachomatis, herpès, gonocoque, mycoplasme genitalium par PCR	Milieu UTM3	– Ouvrir le tube contenant le milieu de transport pour Chlamydiae, y plonger l’écouvillon puis le casser en appuyant la tige sur le bord du tube (écouvillon sécable) Bien reboucher le tube avec le fragment de l’écouvillon à l’intérieur. (mode d’emploi sur le sachet). – Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription

GLANDE DE BARTOLIN

​Nature du prélèvement et/ou de  la demande	Matériel	​Mode de prélèvement
​Prélèvement à l’orifice de la glande de Bartholin	Milieu eSwab rose	– ​Prélèvement réalisé par médecin habilité. – Désinfecter la région péri-orificielle, puis recueillir le pus avec l’écouvillon après une pression douce sur la glande. – Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription

PRELEVEMENT URETRAL

Chez l’homme, le prélèvement urétral doit être réalisé le matin avant toute toilette, ou au moins 2 heures après la dernière miction. Il faut prélever avec des écouvillons « fins » et avec douceur, afin de limiter le caractère inconfortable du prélèvement.

Chez la femme, le prélèvement urétral est rarement réalisé car les autres prélèvements (vaginal, endocol, etc…) sont suffisants pour étayer le diagnostic.

Ce prélèvement peut être utile lorsque la patiente présente des signes de dysurie ou de pollakiurie non expliqués par une cystite et qui peuvent être la manifestation d’une IST.

​Nature du prélèvement et/ou de la demande	Matériel	​Mode de prélèvement
Prélèvement urétral pour recherche de  Gonocoque (Neisseria gonorrhoeae) par PCR	​Milieu UTM1	– ​Prélèvement réalisé par médecin habilité. – Si une goutte de pus s’écoule au niveau du méat, la recueillir sur un écouvillon.Sinon, prélever au niveau du canal urétral en introduisant l’écouvillon sur environ 1 cm, puis tourner délicatement. – Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription
​Recherche de Chlamydia trachomatis, herpès, gonocoque, mycoplasme genitalium par PCR	Milieu UTM3	– Ouvrir le tube contenant le milieu de transport pour Chlamydiae, y plonger l’écouvillon puis le casser en appuyant la tige sur le bord du tube (écouvillon sécable) Bien reboucher le tube avec le fragment de l’écouvillon à l’intérieur. (mode d’emploi sur le sachet). Ce prélèvement peut-être associé (ou remplacé) à un prélèvement de premier jet urinaire. – Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription

4.   PRELEVEMENTS NEONATAUX

Ce type de prélèvement est à réaliser  dans la salle de travail avant la 6ème heure de vie.

Lors de l’envoi des prélèvements du nouveau-né, il est nécessaire de préciser au biologiste l’état civil de l’enfant mais aussi celui de sa mère afin que la correspondance entre les résultats chez l’un et chez l’autre puisse être facilement établie.

​Nature du prélèvement et/ou de la demande	Matériel	Mode de prélèvement
​Liquide amniotique et liquide gastrique	Tube piège	​Le liquide amniotique ingéré (liquide gastrique) est recueilli par sondage à l’aide d’aspirateur de mucosités muni d’un tube piège. – Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription
Biopsie placentaire	​Flacon stérile	​- La biopsie placentaire est effectuée au scalpel près de l’insertion du cordon ou centrée sur d’éventuelles lésions et placée dans un flacon stérile. – Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription
​Les prélèvements périphériques : oreille, anus, narine, ombilic, pli de l’aine	​Sur écouvillon + milieu eSwab bleu	– Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription

5.   DEPISTAGE OU RECHERCHE DE PORTAGE

1) Politique de dépistage

La politique de dépistage des BMR est définie par l’équipe opérationnelle d’hygiène de l’établissement en concertation avec le microbiologiste et les cliniciens des unités concernées.

Elle dépend de l’épidémiologie de l’établissement et de chaque secteur d’hospitalisation.

Qui prélever ?

Les patients hospitalisés dans les services à risque élevé de transmission croisée et dans lesquels les BMR évoluent sous la forme d’épidémie récente ou prolongée

Les patients transférés de services, hôpitaux, régions, pays à forte incidence de BMR

Les patients à haut risque d’infection avant manœuvres invasives

Dans un contexte épidémique, les patients contact de cas connus

Les patients devant bénéficier d’une chirurgie cardiaque ou orthopédique programmée et venant de réanimation, de structure de long et de moyen séjour ou en cas de lésions cutanées chroniques

Quand prélever ?

La fréquence de prélèvement en cours d’hospitalisation est fonction de la durée moyenne de séjour et de la situation épidémiologique

En cas de situation épidémique, la fréquence, la fréquence de dépistage s’effectuera selon un rythme défini avec un dépistage de sortie qui doit, si possible, être poursuivi après transfert du patient dans un autre secteur d’hospitalisation ou dans un autre établissement

Il est recommandé de ne pas réaliser de dépistage systématique dans les secteurs à faible fréquence de BMR.

Indications de prélèvements en fonction de la prise en charge (Recommandations nationales)

	Réanimation	Court séjour (hors Réanimation)	Soins de suite et réadaptation	Soins de longue durée
​A l’admission	OUI	Patients à risque (SARM…) En situation épidémique installée ou récente		NON
​En cours d’hospitalisation	Hebdomadaire	​Suivi des patients à risque		NON
​A la sortie de l’unité	Uniquement en situation épidémique installée ou récente			NON

Les sites de prélèvement pour les dépistages  de BMR sont :

• Prélèvement nasal : SARM
• Prélèvement rectal : EBLSE, EPC et autres BMR
• Prélèvement rectal : ERG, uniquement en contexte épidémique, Portage EPC

​Nature du prélèvement et/ou de la demande	​​​Matériel	​Mode de prélèvement
Prélèvement ano-rectal pour recherche de portage de bactéries entériques multirésistantes (EBLSE, Bacilles multirésistants, Entérocoque résistant à la vancomycine (ERG), Portage EPC…)	​Milieu eSwab rose	​- Insérer l’écouvillon au niveau de l’anus.Réaliser, avant les soins, un écouvillonnage rectal à l’aide d’un écouvillon adapté.L’écouvillon doit être visuellement chargé de matière fécale, puis placé dans le milieu de transport Cf procédure FI-EOH-001. – Compléter le bon de demande de microbiologie

2) Portage nasal

Le dépistage de portage nasal est effectué pour la recherche de SARM ou de Staphylococcus aureus en pré-opératoire de chirurgie  orthopédique programmée

​Nature du prélèvement et/ou de la demande	​​​​Matériel	Mode de prélèvement
​​Prélèvement nasal pour :Recherche de portage de SARM (S.aureus résistant à méticilline)Recherche de portage de Staph. Aureus en pré opératoire	​​Milieu eSwab rose	Prélever avant les soins à l’écouvillon adapté (selon le guide de prélèvement du laboratoire) sec ou  humidifié au sérum physiologique si narine sèche.Insérer l’écouvillon dans la narine du patient (1-2 cm) et recueillir les sécrétions nasales en effectuant 5 rotations complètes de l’écouvillon.Répéter la procédure dans l’autre narine du patient avec le même écouvillon.Cf procédure FI-EOH-001 pour SARM ET FI-EOH-034 pour Staph.Placer l’écouvillon dans le milieu de transport Compléter le bon de demande de microbiologie

 3) Portage vaginal

Le dépistage du portage vaginal de streptocoque B s’effectue en fin de grossesse entre 34 et 38 semaines d’aménorrhée

​​Nature du prélèvement et/ou de la demande	Matériel	Mode de prélèvement
​Prélèvement vaginal pour recherche de streptocoque B en suivi de grossesse	Milieu eSwab rose	– Voir prélèvement vaginal. – Compléter le bon de demande de microbiologie

6.   PRELEVEMENTS ORL

Les infections ORL comprennent les atteintes des voies supérieures (nez, gorge et sinus) ainsi que les oreilles. Les micro-organismes responsables d’infections peuvent être à la fois spécifiques ou communs à une localisation anatomique. Beaucoup de ces infections sont d’origine virale et le diagnostic étiologique ne se justifie pas dans un contexte où le traitement est seulement symptomatique.

PRELEVEMENTS ORL: BOUCHE / GORGE

En cas d’angine aigüe bénigne dont l’étiologie est probablement virale, aucun prélèvement à visée virologique n’est nécessaire. Dans les autres cas, le prélèvement doit être réalisé avant toute antibiothérapie locale ou générale.

Quelques points particuliers, en fonction du contexte, sont à signaler :

• En présence d’une ulcération ou d’un exsudat, le prélèvement doit s’effectuer à leur niveau
• Lors d’une suspicion de diphtérie, le prélèvement doit porter sur la périphérie ou sous les fausses membranes

Les principales bactéries à rechercher au cours des infections pharyngées sont décrites dans le tableau ci-dessous :

​Contexte	Principaux objectifs
Angine aigüe, scarlatine ou dépistage	​Isolement de Streptococcus pyogenes (groupe A), des streptoques b-hémolytiques des groupes C et G
​Angine ulcéro-nécrotique	​Mise en évidence par microscopie uniquement de l’association fuso-spirochétienne caractéristique de l’angine de Vincent
Angine à fausses membranes (ou sujets-contacts)	​Isolement de Corynebacterium diphtheriae, C. ulcerans
​Bilan d’une IST	​Isolement de Neisseria gonorrhoeae
​Phlegmon de l’amygdale	​Examen bactériologique du produit de la ponction évacuatrice avec recherche de S. pyogenes, H. influenzae, S. aureus, anaérobies (Prevotella spp, Fusobacterium necrophorum, Bacteroides fragilis, Peptostreptococcus spp). Prélèvement de gorge sans intérêt.
​Malades greffés ou hémopathies	​Isolement de Pseudomonas spp, Entérobactéries

​Nature du prélèvement et/ou de la demande	​Matériel	​Mode de prélèvement
​Prélèvement buccal pour examen Mycologique UNIQUEMENT	​Milieu eSwab rose	– ​Prélever au niveau de la face interne des lèvres et des joues, du frein de la langue, du palais, des faces externes et internes des gencives (au niveau des collets) et de la langue.En cas d’hypertrophie de la muqueuse linguale, un grattage préalable au moyen d’un abaisse-langue permet une abrasion des dépôts saburraux et des villosités, donc une meilleure pénétration de l’écouvillon passé ensuite dans les cryptes. – Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription
Prélèvement de gorge pour examen bactériologique	​Milieu eSwab rose	​Si besoin, s’aider d’un abaisse-langue. Demander au patient de dire “Aaaaaa”.Prélever sur les amygdales au niveau des zones inflammatoires ou nécrotiques.Eviter de toucher la langue ou la luette. Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription

PRELEVEMENTS ORL: NEZ / SINUS

Les infections des sinus regroupent des entités cliniques différentes. Le diagnostic microbiologique doit être orienté par le contexte clinique, le type d’infection (aigu ou chronique, communautaire ou nosocomial), le statut immunitaire du patient, l’histoire de la maladie et/ou l’origine géographique des patients.

Les principaux agents pathogènes à rechercher dans un prélèvement nasal ou naso-pharyngé ou dans un prélèvement de sinus sont :

​Contexte	Principaux objectifs
​Prélèvement de fosses nasales dans le bilan d’une staphylococcie. Recherche de portage de SARM	​Mise en évidence de Staphylococcus aureus Recherche de S. aureus résistant à la méticilline (SARM)
Aspiration naso-pharyngée au cours d’une suspicion de coqueluche	Mise en évidence de Bordetella pertussis (par PCR)
​Pus de sinus fosses nasales (sinusite, parfois rhino-pharyngite)	Mise en évidence de H. influenzae, Streptococcus pneumoniae, Moraxella catarrhalis, S. aureus
Pus de sinus par aspiration au méat moyen lors d’une sinusite aigüe	Chez l’enfant : Mise en évidence de H. influenzae, Streptococcus pneumoniae, Moraxella catarrhalisChez l’adulte : Mise en évidence de H. influenzae, Streptococcus pneumoniae, Moraxella catarrhalis, S. aureus, anaérobies, Streptococcus pyogenes, S. intermedius
​Pus de sinus par aspiration au méat moyen lors d’une sinusite chronique (habituellement polymicrobien)	Mêmes objectifs que pour les sinusites aigües :+ bacilles à gram négatif aérobies+ anaérobies (Peptostreptococcus spp, Fusobacterium spp, etc…) + champignons (Aspergillus spp, etc…)
Pus de sinus lors d’une sinusite aigüe nosocomiale	Entérobactéries, P. aeruginosa, S. aureus

Le prélèvement de fosses nasales (tiers inférieur) est un prélèvement alternatif non invasif pour le diagnostic d’infection des sinus, mais de faible qualité (contamination par la flore nasale). Il doit être évité au maximum.

Le prélèvement de fosses nasales (tiers inférieur) est un prélèvement alternatif non invasif pour le diagnostic d’infection des sinus, mais de faible qualité (contamination par la flore nasale). Il doit être évité au maximum.

​Nature du prélèvement et/ou de la demande	​Matériel	​Mode de prélèvement
Prélèvement nasal pour recherche de portage bactérien (S.aureus).Cf. chapitre 5. Dépistage ou recherche de portage	Milieu eSwab rose	​Prélever avant les soins à l’écouvillon adapté (selon le guide de prélèvement du laboratoire) sec ou  humidifié au sérum physiologique si narine sèche.Insérer l’écouvillon dans la narine du patient (1-2 cm) et recueillir les sécrétions nasales en effectuant 5 rotations complètes de l’écouvillon.Répéter la procédure dans l’autre narine du patient avec le même écouvillon.Cf procédure FI-EOH-034.Placer l’écouvillon dans le milieu de transport Compléter le bon de demande de microbiologie
​ Prélèvement naso-pharyngé pour recherche de VRS par PCR	Milieu UTM1	​Prélèvement avec écouvillon (plutôt chez adulte): Patient assis.Introduire doucement l’écouvillon horizontalement (de l’avant vers l’arrière) dans une narine, en le faisant tourner sur lui-même, sur  quelques centimètres pour atteindre la paroi post du pharynx Compléter le bon de demande de microbiologie
​Prélèvement naso-pharyngé pour recherche de Grippe A et B par PCR	​Milieu UTM1
​Prélèvement de pus de sinus	ou ou milieu eSwab rose	​- Prélèvement réalisé par médecin habilité. – Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription

PRELEVEMENTS ORL: OREILLE

Trois situations peuvent conduire à réaliser un prélèvement d’origine auriculaire :

• Otite moyenne aigüe (OMA) de l’enfant et de l’adulte
• Otite moyenne récidivante (OMR)
• Otite externe (par exemple rupture spontanée du tympan) : ce tableau clinique est du à Pseudomonas aeruginosa, S. aureus ou à des champignons.

Les principaux agents pathogènes à rechercher au cours des infections auriculaires sont :

Contexte	​Principaux objectifs
​Otite moyenne aigüe	​Chez l’enfant de plus de 3 mois et l’adulte : Haemophilus influenzae, Streptococcus pneumoniae, Moraxella catarrhalis, Staphylococcus aureus, Turicella otitidis, Alloiococcus otitidis.Chez le nourrisson de moins de 3 mois : mêmes bactéries + Pseudomonas aeruginosa, Entérobactéries, Streptococcus pyogenes
Otite moyenne aigüe récidivante	​Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Corynebacterium auris, Brevibacterium otitidis, Alloiococcus otitidis, Streptococcus pyogenes et anaérobies
Otite maligne externe	​Pseudomonas aeruginosa
Infection conduit auditif externe	Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Streptococcus pyogenes, anaérobies, Entérobactéries, Aspergillus spp, Candida spp

Le prélèvement est effectué par l’oto-rhino-laryngologiste.

Dans le cas d’OMA ou d’une OMR, le prélèvement sera réalisé après nettoyage du conduit auditif externe et séchage.

Nature du prélèvement et/ou de la demande	Matériel	​Mode de prélèvement
​Prélèvement auriculaire pour examen bactériologique oumycologique	​​Milieu eSwab orange	– ​Introduire l’écouvillon dans le conduit auditif externe et le faire tourner plusieurs fois.Prélever au niveau des lésions si visibles. – Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription
Prélèvement de pus de paracentèse	ou milieu eSwab rose	– Prélèvement réalisé par médecin habilité. – Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription

PRELEVEMENTS OPHTALMOLOGIQUES

L’objectif est la recherche d’une étiologie infectieuse dans les conditions suivantes :

• Infection conjonctivale aiguë avec critères de gravité et/ou facteurs de risque, ou chroniques (résistant à un traitement empirique)
• Kératite, ulcère ou abcès cornéen comportant un ou plusieurs critères locaux ou généraux de gravité ou des facteurs de risque
• Suspicion de kératite amibienne ou fongique
• Suspicion d’endophtalmie, d’uvéite infectieuse, de rétinite, de rétinite nécrosante
• En cas de maladie professionnelle ou dans un but épidémiologique
• Le port de gants sans talc est obligatoire
• Elimination de la fluorescéine et l’oxybuprocaïne avant tout prélèvement par un lavage de la surface oculaire avec du NaCl 0.9% stérile car avant toute mise en route d’un traitement anti-infectieux
• Acheminement rapide au laboratoire

​Nature du prélèvement et/ou de la demande	Matériel	Mode de prélèvement
Prélèvement conjonctival pour examen bactériologique	Milieu eSwab orange	– Prélever les sécrétions ou le pus par frottis conjonctival et dans angle interne de l’œil sans toucher la peau. – Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription
​Prélèvement conjonctival pour examen virologique	Milieu UTM1	Prélever les sécrétions lacrymales dans l’angle interne de l’oeil.
​Prélèvement conjonctival pour examen mycologique	Milieu eSwab rose	– Prélever les sécrétions lacrymales dans l’angle interne de l’oeil. – Compléter le bon de demande de microbiologie
​Prélèvement conjonctival pour recherche de Chlamydiae par PCR	Milieu UTM1	– Grattage conjonctival des paupières supérieure et inférieure après retournement. Remarque: il est important de récupérer des cellules.Ouvrir le tube contenant le milieu de transport liquide, y plonger l’écouvillon puis le casser en appuyant la tige sur le bord du tube (écouvillon sécable). Bien reboucher le tube avec le fragment de l’écouvillon à l’intérieur.
Prélèvement de cornéeLiquide de lentillesLentilles	ou Milieu Swab orange	– ​Grattage cornéen déposé sur écouvillon.Lentilles de contact envoyées dans un pot stérile.Boîtiers et solutions d’entretien utilisés pour les lentilles de contact. – Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription
​Prélèvement de cornée Ponction de chambre antérieure ou vitré, humeur aqueuse	ou Milieu eSwab orange	​- Prélèvement réalisé par médecin habilité. – Acheminement rapide au laboratoire +++ – Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription

7.   PARASITOLOGIE DU SANG (Paludisme, etc…)

Le paludisme est  une protozoonose provoquée par des protozoaires appartenant au genre Plasmodium et transmise par la piqûre de l’anophèle femelle.

Le prélèvement est réalisé en urgence en cas de fièvre ou à l’acmé d’un pic fébrile

Compléter impérativement l’encadré concernant les renseignements cliniques : « Pays d’origine, séjour à l’étranger, pays visités, traitement antiparasitaire en cours ».

Nature du prélèvement et/ou de la demande	​Matériel	Mode de prélèvement
Parasitologie du sang	Tube EDTA	Le prélèvement est réalisé en urgence en cas de fièvre ou à l’acmé d’un pic fébrile.Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription

8.   HEMOCULTURES

 Toute fièvre d’origine indéterminée, surtout si elle est accompagnée de signes cliniques évocateurs d’infection, doit faire pratiquer des hémocultures.

L’examen « hémoculture » est défini par la culture bactériologique et/ou mycologique de sang. Par hémoculture, on comprend généralement une paire de flacons : un flacon aérobie et un flacon anaérobie

Il est recommandé de réaliser les prélèvements de sang avant ou à distance de  l’administration d’antibiotique ou d’antifongique.

Plus que le nombre de flacons, c’est la quantité totale de sang mise en culture lors d’un épisode clinique qui est de loin le paramètre le plus influent sur la sensibilité de l’examen. Il existe une relation directe entre le volume total de sang cultivé et le rendement de la technique. Un volume insuffisant est associé à une perte de chance diagnostique.

MATERIEL

FLACONS PLASTIQUES BACT ALERT  BIOMÉRIEUX: AÉROBIE (BOUCHON VERT) ET ANAÉROBIE (BOUCHON ORANGE)

Flacon Bact ALERT  Biomérieux: pédiatrique (bouchon jaune)

Dispositif à ailettes BD vacutainer safety lok

Corps de prélèvement Biomérieux

ETAPE 1 :Préparation du matériel

• Vérifier la prescription sur le dossier de soins et préparer le bon d’examen
• Vérifier la date de péremption des flacons
• Faire un repère sur le flacon correspondant au volume de prélèvement recommandé : 8-10ml
• Décapuchonner les flacons et désinfecter le septum avec l’antiseptique alcoolique
• Laisser le tampon de désinfection sur le flacon jusqu’au prélèvement

ETAPE 2 : Désinfection et antiseptie 

• Se frictionner les mains avec un produit hydro-alcoolique
• Choisir le site de ponction veineuse, poser le garrot et repérer la veine
• Réaliser une antiseptie cutanée large su site de ponction en 4 temps : détersion, rinçage, séchage, puis utilisation d’un antiseptique alcoolique en respectant le temps de contact préconisé pour le produit

ETAPE 3 : Prélèvement

• Réaliser un geste d’hygiène des mains avec le produit hydro-alcoolique
• Enfiler des gants à usage unique non stériles et réaliser la ponction veineuse avec une unité de prélèvement sécurisé
• Prélever le flacon aérobie en 1er, afin de purger la tubulure, puis le flacon anaérobie en 2ème

a)      Chez l’adulte

Le prélèvement « unique » est recommandé pour l’adulte (par les sociétés savantes)

Prélever 4 à 6 flacons biens remplis, 8 à 10ml de sang par flacon (cible 30-40ml) en un seul prélèvement.

Prélever le flacon aérobie en 1er puis le flacon anaérobie en 2ème, puis un flacon aérobie……

2 avantages :

• Diminution du risque de contamination
• Sensibilité maximale si la quantité totale de sang est optimale (40-60ml)

b)      Cas particuliers de l’adulte

1)       En cas de suspicion d’endocardite, de brucellose

• Cocher cette demande sur le bon de prescription
• Prélever 3 hémocultures (flacons aérobie et anaérobie) espacées d’une heure minimum sur une durée de 24h maximum

2)       Bactériémie, fongémie liées au cathéter ou à la chambre implantable (méthode matériel « en place »)

Prélever au même moment (≤10min) 2 prélèvements :

• Une hémoculture par ponction veineuse périphérique
• Une hémoculture à partir du dispositif

Indiquer le site de prélèvement (périphérique ou PAC)

• Sur les flacons
• Sur le bon de prescription

Les 2 hémocultures doivent contenir approximativement le même volume de sang afin d’assurer une comparaison fiable des 2 échantillons

c)      Chez l’enfant

1 flacon aérobie pédiatrique

Le volume optimal de sang est fonction du poids de l’enfant

Poids en Kg	Volume de sang (ml)
≤1	0.5 à2
1.1 à 2	1.5 à 4.5
2.1 à 12.7	3 à 6

2 flacons (aérobie et anaérobie)

Poids en Kg	Volume de sang (ml)
12.8 à 36.3	5 à 7
≥36.3	10

• Agiter les flacons par retournement
• Etiqueter les flacons : cf dessin

pour les autres examens  biologiques

• Préparer le bon de demande d’examens (Nom du patient, date, heure de prélèvement, ……)
• Identifier le flacon (Etiquette : Nom , prénom du patient, …….)
• Coller l’étiquette dans la zone préconisée (voir paragraphe « les bonnes pratiques d’étiquetage » ci-dessous)
• Ne pas coller l’étiquette sur le code à barre du flacon

 ETAPE 4 : Transport

Ne pas réfrigérer, ni pré-incuber les flacons, laisser les flacons à température ambiante durant le temps avant acheminement

Acheminer le plus rapidement possible les flacons d’hémocultures au laboratoire

Les bonnes pratiques d’étiquetage des flacons BacT/ALERT®

Nouvelle étiquette des flacons Bact/ALERT®

9.   PRELEVEMENT DE CATHETER

Les méthodes reposant sur une numération bactérienne, le délai d’acheminement est critique. Les prélèvements doivent être acheminés en moins de 2 heures au laboratoire pour y être ensemencés sans délai.

Les prélèvements doivent être effectués avant tout traitement infectieux.

Nature du prélèvementet/ou de la demande	Matériel	Mode de prélèvement
Prélèvement avec ablation du matériel: Cathéter pour examen bactériologique ou mycologique	Flacon stérile	​- L’examen systématique des cathéters n’est pas justifié en dehors de signes locaux et/ou généraux d’infection.Procéder stérilement au retrait du matériel, couper stérilement les 5 cm de l’extrémité distale pour les cathéters longs et la partie insérée pour les cathéters courts. Les placer dans un flacon stérile.En aucun cas n’envoyer la partie externalisée du cathéter (ailettes, fil…).Cf. procédure EQ-PHA-049 pour les cathéters veineux centraux et FI-EOH-065 pour l’utilisation la surveillance et le retrait d’un cathéter veineux central. – Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription

10.   LES SECRETIONS BRONCHO-PULMONAIRES

EXPECTORATION (HORS RECHERCHE DE MYCOBACTÉRIES)

L’expectoration est un prélèvement rarement contributif et source d’erreur. En effet, sa facilité d’exécution entraine dans plus de 50% des cas le recueil de sécrétions contaminées par de la salive. Il ne doit pas être réalisé pour le diagnostic de PAC traitées en ambulatoire. Ses indications privilégiées sont les échecs du traitement empirique, le diagnostic des surinfections de bronchite chronique, le diagnostic des infections chez les patients atteinets de mucoviscidose.

Pour diminuer le risque de contamination salivaire, il est impératif de respecter un protocole de recueil rigoureux :

• Après rinçage bucco-dentaire à l’eau stérile
• Lors d’un effort de toux
• Aidé si nécessaire d’une kinésithérapieL’acheminement au laboratoire doit être effectué dans un délai maximum de 2 heures afin d’éviter la prolifération des bactéries de la flore commensale et la diminution de viabilité de Streptococcus pneumoniae

Nature du prélèvement et/ou de la demande	Matériel	Mode de prélèvement
​Expectoration pour examen mycologique ou examen cyto-bactériologique de crachat (ECBC).Indications limitées: Mucoviscidose,dilatation des bronches et éventuellement pneumonies graves	​Flacon stérile	– ​Effectuer de préférence le matin au réveil (sécrétions accumulées dans les bronches au cours de la nuit) et à jeun.Le recueil peut nécessiter l’aide d’un kinésithérapeute (« clapping »). Afin de diminuer le risque de contamination salivaire, effectuer un  brossage des dents et rinçage de bouche à l’eau stérile, au liquide physiologique ou au moyen d’une solution antiseptique (afin de limiter la contamination oro-pharyngée).Expliquer au patient l’importance de faire un effort de toux après avoir pris plusieurs respirations profondes. – Faire cracher le patient et recueillir l’échantillon en fin de toux dans le flacon stérile -Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription

ASPIRATION ENDO-BRONCHIQUE

L’aspiration des sécrétions broncho-pulmonaires par la sonde d’intubation est une méthode alternative lorsque le patient n’expectore pas et que les méthodes invasives sont contre-indiquées.

Ce prélèvement ne nécessite pas de fibroscopie et se fait à l’aveugle. Le risque de contamination par la flore salivaire est important.

Nature du prélèvement et/ou de la demande	​Matériel	Mode de prélèvement
Aspiration endo-bronchique pour examen bactériologique ou mycologique	​Flacon piège	​- Méthode alternative lorsque les méthodes invasives sont contre-indiquées. Aspiration des sécrétions broncho-pulmonaires par la sonde d’intubation ou de trachéotomie pour les patients de réanimation ou de soins intensifs. – Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription

PRELEVEMENTS PROTEGES

Lavage broncho-alvéolaire (LBA)

Le LBA (lavage broncho-alvéolaire)  est réalisé sous fibroscope et se compose de deux fractions : une fraction bronchique et une fraction alvéolaire.

Dans les PAC , il est préconisé chez le sujet immunodéprimé ou en cas d’échec du traitement empirique. La principale limite est liée au degré d’insuffisance respiratoire du malade.

Une variante du LBA est le « mini lavage » pour lequel un volume de seulement 20ml est instillé à l’aveugle, afin de recueillir 2 à 3ml.

En ce qui concerne l’histoplasmose et les mycoses broncho-pulmonaires dues à des champignons exotiques, le LBA demeure le prélèvement le plus adapté. La suspicion d’une mycose d’importation doit être signalée au biologiste, ceci permettra de prendre toutes les précautions nécessaires au laboratoire car certains de ces pathogènes sont « classe 3 ».

 Prélèvement distal protégé

Ce mode de prélèvement consiste à réaliser un brossage de la muqueuse bronchique distale sous fibroscopie. Ce dispositif évite une contamination du prélèvement par la flore de l’oro-pharynx lors du passage des voies aériennes supérieures.

Ces indications sont les mêmes que pour le LBA. Il constitue le meilleur prélèvement pour les cultures virales et la cytologie.

Nature du prélèvement et/ou de la demande	​Matériel	​Mode de prélèvement
​Prélèvements cathéters BrunBuisson Bronchique (CBB ou combicath) ou mini LBA pour examen bactériologique oumycologique	​Flacon stérile	– ​Prélèvement réalisé par un médecin habilité de réanimation chez les patients intubés.Mini lavage (mini LBA) par instillation d’un volume inférieur à 20 ou 25 ml, souvent à l’aveugle, permettant de recueillir 2 à 3 ml ou extrémité du cathéter bronchique mis dans un flacon avec 1ml de sérum physiologique stérile   – Acheminement rapide au laboratoire +++ – Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription
Prélèvement distal protégé (brosse) pour examen bactériologique ou mycologique	​Flacon stérile	– Prélèvement réalisé sous fibroscopie par médecin habilité. – Produit de brossage bronchique (brosse télescopique protégée de Wimberley ou cathéter) recueilli dans un flacon stérile contenant 1 ml de sérum physiologique stérile. Bien boucher le flacon et agiter au lit du malade.Acheminement rapide au laboratoire +++ – Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription
Liquide de lavagebronchiolo-alvéolaire (LBA) pour examen bactériologique, virologique ou mycologique	​Flacon stérile	– Prélèvement réalisé sous fibroscopie par médecin habilité. – Lavage d’un territoire pulmonaire par du sérum physiologique stérile par fractions de 50 ml, jusqu’à 300 ml, permettant de recueillir entre 20 et 60 % de la quantité injectée.Acheminement rapide au laboratoire +++ – Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription

RECHERCHE DE MYCOBACTERIES, NOCARDIA ET ACTINOMYCETES

Nature du prélèvement et/ou de la demande	Matériel	Mode de prélèvement
ECBC pour recherche de Mycobactéries****** examen sous traité	Flacon stérile	– Répéter le prélèvement (idem ci-dessus) 3 jours de suite le matin, au réveil et à jeun.Récupérer 2 à 3 ml minimum. – Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription
​Tubage gastrique pour recherche de mycobactéries ***  uniquement*** examen sous traité	​Flacon stérile	​- Effectuer le prélèvement chez un sujet à jeun, maintenu alité depuis la veille et le plus tôt possible après le réveil.Après avoir descendu la sonde dans l’estomac, aspirer à l’aide d’une seringue adaptée environ 5ml de liquide gastrique et recueillir dans un flacon stérile.Répéter le prélèvement (idem ci-dessus) 3 jours de suite. – Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription
​Aspiration bronchique ou Liquidede lavage bronchiolo-alvéolaire (LBA) sous fibroscopie pour recherche de mycobactéries***,Nocardia, Actinomyces*** examen sous traité	Flacon stérile	– ​Prélèvement réalisé sous fibroscopie par médecin habilité. Remarque: la fibroscopie est responsable d’une irritation se manifestant dans lesheures suivantes par l’émission de crachats qui peuvent être recueillis pour analyse. – Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription

11.   LES PRELEVEMENTS POUR MYCOLOGIE

La feuille de prescription doit être complétée en indiquant le type de lésion, le site atteint, éventuellement le type de champignon recherché. D’autres indications telles que la notion d’immunodépression, la prise de médicaments, la notion de voyage en zone tropicale, le métier exercé, les contacts avec des animaux, les loisirs (piscine, salle de sport par exemple) peuvent être utiles

Les prélèvements doivent être effectués à distance de tout traitement antifongique local ou général : les délais recommandés sont d’au moins 10 jours d’arrêt pour les topiques (hors solution filmogène) et de 3 mois pour un prélèvement unguéal si applications de solutions filmogènes ou de traitement per os

MYCOLOGIE: PRELEVEMENTS DE PEAU

Nature du prélèvement et/ou de la demande	​Matériel	Mode de prélèvement
​Prélèvement de peau pour examen mycologique	Matériel chirurgical particulier stérile et en bon état: curette de Brocq fenêtrée, scalpel mousse ou vaccinostyle, ciseaux fins, pince à épiler, etc. ou ecouvillon sec sans milieu de transport	– Prélèvement réalisé par médecin habilité. En cas de lésions multiples, les échantillons biologiques d’origines différentes doivent être nettement individualisés. – Prélever au minimum une vingtaine de squames (ou plus si possible), au-dessus du flacon, avec un scalpel mousse ou une curette, sur toute la surface d’une lésion dyschromique (notamment au niveau des éventuelles zones fluorescentes sous lampe de Wood), en périphérie d’un intertrigo humide, sur le relief érythémato-vésiculo-squameux en périphérie d’une lésion circinée (le centre est en voie de guérison), sur les faces latérales macérées des orteils, etc – Prélever au moins une quinzaine de poils cassés courts, prélevés à la pince à épiler, au besoin en pinçant les squames qui les engluent. – Pour ces types de prélèvements, l’utilisation du seul écouvillon (préalablement humecté de quelques gouttes de sérum physiologique stérile) doit rester exceptionnelle (otite externe, blépharite, lésions pustuleuses ou très suintantes,…) et toujours venir en complément du recueil de squames (fond du plides intertrigos humides et suintants) et de poils (gouttelette de pus qui sourd par l’ostium après prélèvement). L’écouvillon ne doit en aucun cas être utilisé seul pour les lésions sèches. – Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription

MYCOLOGIE: PRELEVEMENTS D’ONGLES

Nature du prélèvement et/ou de la demande	​Matériel	Mode de prélèvement
Prélèvement d’ongles pour Examen mycologique	​Matériel chirurgical particulier stérile et en bon état: curette de Brocq fenêtrée, scalpel mousse ou vaccinostyle, ciseaux fins, pince à épiler, etc. avec éventuellement un écouvillon sec sans milieu de transport	​- Prélèvement réalisé par médecin habilité. – Le préleveur ne doit en aucune manière « compter son temps », brusquer le patient, ni rendre le prélèvement inutilement douloureux. En cas de lésions cutanées associées (fréquemment, un intertrigo inter-digitoplantaire), les échantillons biologiques doivent être nettement individualisés, en terminant par leprélèvement unguéal. – Prélever un maximum de fragments d’ongle et de matière sous-unguéale, recueillis dans un flacon à l’aide d’une curette et/ou d’un scalpel au niveau d’une lésion proximale de candidose,jusqu’à la limite de décollement de la tablette en cas de dermatophytose sous-unguéale latéro-distale, par grattage des zones superficielles de leuconychie ou sous le repli proximal encas de paronychie.Il convient d’insister sur le fait que, pour ces types de prélèvements, l’écouvillon ne doit en aucun cas être utilisé seul mais doit toujours venir, préalablement humecté de liquide physiologique, en complément du recueil de fragments d’ongle et de matière sous-unguéale (pus d’un péri-onyxis, …). – Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription

MYCOLOGIE: PRELEVEMENTS DE CHEVEUX

​Nature du prélèvement et/ou de la demande	​​Matériel	Mode de prélèvement
Prélèvement de cheveux, cuir chevelu pour examen mycologique	​Matériel chirurgical particulier stérile et en bon état: curette de Brocq fenêtrée, scalpel mousse ou vaccinostyle, ciseaux fins, pince à épiler, etc avec éventuellement  un ecouvillon sec sans milieu de transport	– Prélèvement réalisé par médecin habilité. – Prélever avec un scalpel mousse un maximum de squames au-dessus d’un flacon sur toute la surface des zones squameuses lors d’une suspicion de pityriasis capitis, au moins une quinzaine de cheveux courts prélevés à la pince à épiler sur les plaques d’alopécie ou les placards inflammatoires, au besoin en pinçant les squames qui les engluent (teigne trichophytique), le contenu des godets, exprimé à la curette, en cas d’éventuel favus.- Pour ces types de prélèvements, l’utilisation de l’écouvillon (préalablement humecté de quelques gouttes de liquide physiologique stérile) ne se justifie que pour humidifier et décoller préalablement les croûtes recouvrant les plaques d’une teigne trichophytique et pour recueillir, après prélèvement à la pince à épiler, les squames restées collées sur le cuir chevelu ou la gouttelette de pus qui sourd par l’ostium des cheveux prélevés ; l’écouvillon ne doit en aucun cas être utilisé seul. – Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription

12.   PRELEVEMENTS DE LIQUIDES

​Nature du prélèvement et/ou de la demande	​Matériel	​Mode de prélèvement
​Ponction de liquides en général : ascite, pleural, péricardique etc…pour examen bactériologique	1 Flacon stérile + Flacons hémoculture +	– Ces prélèvements doivent être réalisés si possible avant toute antibiothérapie dans des conditions très rigoureuses d’asepsie, après désinfection soigneuse de peau pour éviter toute contamination par la flore commensale cutanéo-muqueuse au point de ponction. Le lavage des mains antiseptique du préleveur et le port de gants sont nécessaires. Il faut recueillir stérilement au minimum 3 à 5 ml de liquide de ponction.En cas de suspicion d’infection, il est recommandé d’associer aux prélèvements liquides de séreuses un flacon d’hémoculture. Précautions particulières : – certains prélèvements sont invasifs (articulaire, pleural, péricardique). Il faut donc doubler de précaution : identification, acheminement, etc…Le prélèvement doit se faire dans des conditions d’anaérobiose :A la seringue sans bulle d’air, bouchée stérilement et hermétiquement, après ablation de l’aiguille, ou milieu de transport pour germes fragiles et anaérobies.Les prélèvements à l’aide d’écouvillon sec ne sont pas conformes. – Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription
​Pour examen cytologique	Tube citraté	– Ces prélèvements doivent être réalisés si possible avant toute antibiothérapie dans des conditions très rigoureuses d’asepsie, après désinfection soigneuse de peau pour éviter toute contamination par la flore commensale cutanéo-muqueuse au point de ponction. Le lavage des mains antiseptique du préleveur et le port de gants sont nécessaires. Il faut recueillir stérilement au minimum 3 à 5 ml de liquide de ponction.En cas de suspicion d’infection, il est recommandé d’associer aux prélèvements liquides de séreuses un flacon d’hémoculture. Précautions particulières : – certains prélèvements sont invasifs (articulaire, pleural, péricardique). Il faut donc doubler de précaution : identification, acheminement, etc…Le prélèvement doit se faire dans des conditions d’anaérobiose :A la seringue sans bulle d’air, bouchée stérilement et hermétiquement, après ablation de l’aiguille, ou milieu de transport pour germes fragiles et anaérobies.Les prélèvements à l’aide d’écouvillon sec ne sont pas conformes. – Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription
​Pour la chimie de liquide	Tube sec	– Ces prélèvements doivent être réalisés si possible avant toute antibiothérapie dans des conditions très rigoureuses d’asepsie, après désinfection soigneuse de peau pour éviter toute contamination par la flore commensale cutanéo-muqueuse au point de ponction. Le lavage des mains antiseptique du préleveur et le port de gants sont nécessaires. Il faut recueillir stérilement au minimum 3 à 5 ml de liquide de ponction.En cas de suspicion d’infection, il est recommandé d’associer aux prélèvements liquides de séreuses un flacon d’hémoculture. Précautions particulières : – certains prélèvements sont invasifs (articulaire, pleural, péricardique). Il faut donc doubler de précaution : identification, acheminement, etc…Le prélèvement doit se faire dans des conditions d’anaérobiose :A la seringue sans bulle d’air, bouchée stérilement et hermétiquement, après ablation de l’aiguille, ou milieu de transport pour germes fragiles et anaérobies.Les prélèvements à l’aide d’écouvillon sec ne sont pas conformes. – Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription
Ponction de liquide pleural		S’il y a très peu de liquide, on peut directement l’ensemencer dans un flacon à hémoculture
Ponction de liquide d’ascite		Ponction exploratrice (à mi-distance entre l’épine iliaque gauche et l’ombilic). Peut être guidée (échographie), effectuée en per-opératoire. Ajouter 1 flacon d’hémoculture avec  5 à 10 ml d’ascite (ascitoculture). Le prélèvement de liquide d’ascite doit être systématiquement ensemencé dans un flacon d’hémoculture au lit du malade
Liquide de ponction articulaire		L’ensemencement dans un flacon d’hémoculture au lit du malade est effectué en fonction du contexte clinique et de l’aspect du liquide à la ponction.Si la durée de transport dépasse 2 heures, il est recommandé de mettre les échantillons dans des milieux de transport (notamment pour la préservation des anaérobies). Le transport doit s’effectuer à température ambiante.

13.   PRELEVEMENTS DE LCR

Cet examen permet le diagnostic de méningite aigüe. Il est réalisé en urgence lorsqu’une méningite est suspectée. Il peut être également nécessaire au diagnostic d’autres infections du système nerveux central : méningo- encéphalites, abcès cérébraux, myélites.

Le LCR est obtenu par ponction du cul de sac dural dans des conditions d’asepsie rigoureuse (gants stériles, désinfection cutanée).

Le LCR est réparti dans 3 récipients stériles étanches type ECBU numérotés 1,2,3,… dans l’ordre du recueil et étiquetés au nom du patient.

Le 1er flacon sert à l’examen bactériologique (ensemencement)

Le 2ème flacon sert l’examen biochimique

Le 3ème flacon sert à l’examen cytologique

Un 4ème flacon peut s’avérer nécessaire en cas de demandes complémentaires (ex : herpès)

–>  Ceci permet de discriminer une piqûre vasculaire, d’une hémorragie méningée.

Il est nécessaire de réaliser un prélèvement sanguin au même moment que la ponction lombaire en vue d’effectuer une glycémie

Nature du prélèvement et/ou de la demande	​Matériel	Mode de prélèvement
Prélèvement de LCR	​Flacons stériles numérotés de 1 à 3.Eventuellement un 4ème flacon si demande complémentaire N°1 N°2 N°3 N°4 éventuellement	​Prélèvement réalisé par personnel habilité. Le LCR est recueilli successivement dans 3 ou 4 flacons stériles sans anticoagulant, numérotés de 1 à 3 (ou 4) dans l’ordre du prélèvement et destinés respectivement à l’examen microbiologique, biochimique et cytologique. La quantité de LCR nécessaire est de 2 à 5 ml chez l’adulte, idéalement de 2 ml chez l’enfant. Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription

14.   SELLES

BACTERIOLOGIE, MYCOLOGIE ET VIROLOGIE

Tous les épisodes diarrhéiques ne sont pas infectieux et toutes les diarrhées infectieuses ne sont pas bactériennes !

Le prélèvement est réalisé dans les premiers jours de la maladie et, si possible avant le début de l’antibiothérapie.

• Les selles doivent être émises spontanément sans purgation ni suppositoire à la glycérine.
• Les selles sont recueillies dès leur émission dans un récipient propre.
• Il convient d’arrêter tout traitement plus de 48h avant le recueil.
• Un échantillon (muco-purulent ou sanglant si possible) du volume d’une noix est prélevé à l’aide d’une spatule puis transféré dans un pot à vis hermétique.
• En cas de selles liquides, vérifier la bonne fermeture du flacon.La recherche de Clostridium difficile  s’effectue dans le cadre d’une diarrhée ( selles prenant la forme du pot) , chez les patients d’âge supérieur à 3 ans

RECHERCHE DE SANG

Il n’y a pas de régime particulier à pratiquer avant la réalisation de l’examen car le test est spécifique de l’hémoglobine humaine. Néanmoins, il faudra repousser l’examen jusqu’à l’arrêt des saignements si le patient présente les symptômes suivants :

• Hémorroïdes sanglantes
• Constipation sanglantes
• Règles
• Sang dans les urines

​Nature du prélèvement et/ou de la demande	​Matériel	​Mode de prélèvement
– ​Coproculture Analyse bactériologique et/ou mycologique – Recherche de toxine de Clostridium difficile – Recherche de virus (Rotavirus, Adenovirus, norovirus) – Recherche des Antigènes de Cryptosporidium parvum, Giardia lamblia et Entamoeba histolytica (CGE) – Recherche de sang	​Gros pot rouge avec cuillère pour selles	​- La prescription d’une seule coproculture est en général suffisante.-Fournir au patient un pot rouge stérile avec cuillère où les selles fraîchement émises ne seront pas souillées d’urines, d’eau, où d’autres éléments contaminants (sang des règles, papier hygiénique, etc.) – Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription

Parasitologie des selles (sous traité)

​Nature du prélèvement et/ou de la demande	​Matériel	Mode de prélèvement
Parasitologie des selles (sous traitée)	​Gros pot rouge avec cuillère pour selles	– Recueil des selles chez un patient qui n’aura pas subi une coloscopie ou un examen radiologique récent du tube digestif avec usage d’un produit de contraste (transit oeso-gastro-duodénal, lavement baryté) et qui se sera abstenu au moins pendant deux jours de la prise de poudres insolubles (gel d’alumine, charbon,argiles, etc.), de mucilages, de lubrifiants (huile de paraffine), de laxatifs contenant des métaux lourds ou de suppositoires-Fournir au patient un pot rouge stérile avec cuillère où les selles fraîchement émises ne seront pas souillées d’urines, d’eau, où d’autres éléments contaminants (sang des règles, papier hygiénique, etc.). Les selles sont de préférence émises et recueillies au laboratoire, sinon elles doivent être acheminées dans les 2 heures qui suivent l’émission. – Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription

15.   PUS PROFONDS, ABCES, COLLECTION FERMEE

PRINCIPES DE PRELEVEMENT

• Prélèvement réalisé par médecin habilité
• Prélever avant début de l’antibiothérapie si possible, sinon signaler sur le bon de demande en cours.
• Avant ponction, antisepsie de type chirurgical.
• Fermer hermétiquement les flacons pour le transport au laboratoire.
• Acheminement urgent au laboratoire +++Seul un prélèvement avec un écouvillon associé à un milieu de transport adapté assure une bonne sensibilité de la recherche de micro-organismes.

Du fait de la diversité des infections cutanées, l’identification précise du type d’infection et sa localisation sont requises.

De même, il faut préciser s’il s’agit d’un prélèvement superficiel ou profond car la mise en œuvre de la recherche de bactérie(s) anaérobie(s) ne se fera que sur les prélèvements profonds.

Pour les biopsies, il faut proscrire l’ajout de tout liquide (sérum physiologique ou milieu de transport) en cas de recours à l’utilisation de méthodes moléculaires, car ces liquides peuvent induire des interférences.

Pour les biopsies cutanées, il est essentiel d’éviter toute dessication de l’échantillon, soit par acheminement rapide de l’échantillon, soit en le préservant par ajout de quelques gouttes de sérum physiologique.

​Nature du prélèvement et/ou de la demande	Matériel	Mode de prélèvement
​Prélèvement de lésion cutanée superficielle (furoncle, impétigo, folliculite, etc.) pour examen bactériologique	​Milieu eSwab rose	– ​Prélever avec un écouvillon (+/- imbibé avec une goutte de sérum physiologique stérile si la lésion est sèche) en frottant au niveau de la lésion. – Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription
​Prélèvement de plaie, ulcère, suppuration cutanée pour examen bactériologique	​Milieu eSwab rose ou flacon sterile	​- Prélèvement réalisé par personnel habilité – Ne prélever qu’en présence de signes locaux d’inflammation +++ – Eviter si possible de prélever à l’écouvillon. Contre-indication formelle pour la recherche de mycobactéries- Antisepsie sur la zone cutanée proximale de la lésion. Rincer au sérum physiologique stérile.- – Plaie du site opératoire (cicatrice): prélever l’écoulement de la cicatrice de préférence par aspiration à la seringue, puis transférer dans flacon stérile ou, si écoulement spontané, prélever avec un écouvillon préalablement imbibé de sérum physiologique – Morsure: Aspirer le liquide présent dans la blessure avec une seringue, puis transférer dans flacon stérile. A défaut, pratiquer un écouvillonnage profond. – Ulcère, lésions nécrotiques: Biopsie ou ponction à l’aiguille montée sur seringue, puis transfert dans flacon stérile.L’écouvillonnage simple des escarres est proscrit (reflet de la colonisation bactérienne!). – Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription
​Prélèvement pour examen bactériologique avec recherche de bactéries anaérobies, ou examen mycologique	flacon sterile et	Avant ponction d’un foyer fermé, antisepsie de type chirurgical. – Prélèvements liquides: Ponction à l’aiguille montée sur seringue, puis transfert dans flacon stérile.Une paire de flacon d’hémoculture (aérobie et anaérobie) peut être ensemencée avec le liquide ponctionné pour augmenter la sensibilité (respecter les règles de ponction d’un flacon d’hémoculture en particulier la désinfection du bouchon), sauf si le liquide résulte de la perforation d’un organe creux avec contenu septique. – Prélèvements solides, Biopsies: Recueil de fragments tissulaires de volume suffisamment important dans flacon stérile, sans conservateur, sans liquide. – Compléter le bon de demande de microbiologie notamment la case « renseignements cliniques » liés à cette prescription