LA BIOLOGIE MOLECULAIRE

Analyses effectuées au laboratoire	​Descriptif	​Indications principales	​Conditions de prélèvement
​Chlamydiae trachomatis par PCR	​Recherche de l’ADN des bactéries de Chlamydiae trachomatis	​Chez la femme : – Une salpingite – Responsables d’une grossesse extra-utérine sur 2 en France – 1ère cause de stérilité acquiseChez l’homme : – Prostatite chronique – Hypofertilité – Conjonctivite, arthritesChez le nouveau né : Lors du passage dans la filière génitale entrainant des conjontivites ou des pneumopathies	​Urogénitaux (urines 1er jet) Ecouvillon sur milieu eSwab UTM1 si P. urétral ou UTM3 si P.vaginal
​Gonocoque par PCR	Recherche de l’ADN des bactéries de Neisseria gonorrhoeae	​Chez la femme : – Urétrite – Vulvo-vaginite – Cervicite – Bartholinite – Salpingite – StérilitéChez l’homme : – Urétrite – Prostatite – Epididymite Chez le nouveau né : Lors du passage dans la filière génitale entrainant des conjontivites  pouvant mener la cécité	Urogénitaux (urines 1er jet Ecouvillon sur milieu eSwab UTM1 si P. urétral ou UTM3 si P.vaginal
Mycoplasme genitalium par PCR	Recherche de l’ADN des bactéries de Mycoplasme genitallum	Chez la femme :Urétrite -Vulvo-vaginite – Cervicite – Bartholinite – Salpingite – StérilitéChez l’homme : – Urétrite aiguë – Prostatite – Epididymite – infertilité	Urogénitaux (urines 1er jet Ecouvillon sur milieu eSwab UTM1 si P. urétral ou UTM3 si P.vaginal
Herpès par PCR	Recherche de l’ADN des virus herpès HSV1 et HSV2	​L’encéphalite herpétique survient à tous les âges de la vie, puis après l’âge de 50 ansLésions oculairesLésions génitalesInfections graves en néonatologie	– LCR – Liquide de ponction – Ecouvillon sur milieu eSwab UTM1 si P. urétral ou UTM3 si P.vaginal ou oculaire – sang sur les tubes EDTA
​Coqueluche par PCR	​Recherche de l’ADN des bactéries de bordetella pertusis/parapertussis	​Maladie très contagieuse de l’appareil respiratoire :(toux violente suivis d’une reprise inspiratoire sifflante et bruyante « chant de coq » et vomissements)Les cas graves observés le plus souvent chez les nourrissons, ces symptômes peuvent entrainer une hypoxie, des lésions permanentes du cerveau ou le décès	Aspiration nasopharyngée Ecouvillon sur milieu eSwab UTM3
Clostridium par PCR	Recherche de l’ADN des bactéries de clostridium difficile (gène de toxine A et de toxine B)	Cette bactérie est une cause majeure de diarrhée et de colite associées aux antibiotiques	Selles
Grippe A et B par PCR  Virus respiratoire syncytial VRS	Recherche de l’ARN du virus de la grippe A et B  Recherche de l’ARN du VRS	maladie infectieuse fréquente et contagieuse	Ecouvillon sur milieu eSwab UTM1
COVID-19 par PCR	Recherche de l’ARN SARS Co-V-2	maladie infectieuse contagieuse	Ecouvillon sur milieu eSwab UTM1